I Vänern trivs både kall- och varmvattensarter. Vänern är så stor och och liknar havet på många sätt och det gör att vissa arter som normalt förknippas med havet trivs här. Förutom lax finns också flodnejonöga, som är en hotad art. Den växer upp i tillrinnande vattendrag och vandrar som vuxen ut i sjön. Flodnejonögat suger sig fast med tänderna på sidan av en siklöja eller nors, och suger ur deras kroppssafter. Hornsimpa är en art som finns både i Vänern och i Östersjön.

Bilder från vänster: nors, siklöja, gös, gädda, braxen, hornsimpa, lax och flodnejonoga.

I Vänern finns två stammar av naturligt lekande laxar kvar: Gullspångslaxen och Klarälvslaxen. Det som är speciellt för dessa är att de lever i sötvatten under hela sitt liv och inte vandrar ut i havet som andra laxar. Gullspångsälven och Klarälven är de enda ställen inom EU där denna typ av lax fortfarande leker. De andra har blivit utrotade av bland annat vattenkraftsutbyggnad, föroreningar, och fördärvade lekplatser. Varje år sätts lax- och öringyngel ut i Vänern och dessa odlade fiskar får man ta upp, inte de vilda laxarna.

Yrkesfiskarna fångar mest siklöja, gös, lax, öring, gädda och kräftor. Sedan några år tillbaka får man inte fånga och sälja sik då den innehåller för höga halter av dioxin. Det genomförs projekt och åtgärder för att öka kunskapen kring detta och komma fram till lösningar. Det finns också signalkräftor i Vänern som fiskas alltmer. Fiske efter kräftor på allmänt vatten i Vä­nern får bara bedrivas av licensierade yrkes­fiskare efter tillstånd av Länsstyrelsen. På enskilt vatten har fiskerättsinnehavaren rätten till fiske efter kräfta.